Первая премия «Национальный бестселлер» была вручена в первый раз в 2000 году. Независимость премии обеспечивается принципиально новой технологией, заключающейся в наличии трех никак между собой не пересекающихся уровней отбора.
Как сообщает сайт премии, на первом этапе значительное число номинаторов (назначаемых оргкомитетом с охватом всего спектра школ и вкусов — здесь представители основных издательств, «толстых» журналов, деятели русской литературы России и зарубежья) называет по одному произведению, вышедшему в отчетном году или знакомому номинатору в виде рукописи. Так формируется лонг-лист. Он публикуется с указанием, кто кого выдвинул.
На втором этапе Большое жюри (около 20 человек), также формируемое оргкомитетом и состоящее в основном из профессиональных литературных критиков разных направлений, оценивает выдвинутые произведения. При этом жюри никогда не собирается вместе и ничего не обсуждает коллективно. Каждый критик отбирает из всего прочитанного два произведения, одному из которых выставляет 3 балла, второму — 1 балл. Результаты отбора также публикуются — с указанием, кто как проголосовал. Произведения (5-6), набравшие наибольшее число баллов, образуют шорт-лист.
На третьем этапе Малое жюри, формируемое оргкомитетом и состоящее уже не столько из профессиональных писателей, сколько из просвещенных читателей, авторитетных деятелей искусства, политики и бизнеса, — делает уже читательский выбор из произведений шорт-листа.
В случае дележа первого места право определить победителя предоставляется Почетному председателю Малого жюри. Голосование происходит во время процедуры присуждения премии.
Председателями почётного жюри в разные годы были Ирина Хакамада, Владимир Коган, Валентин Юдашкин, Александра Куликова, Леонид Юзефович и Эдуард Лимонов. В 2002 году Владимир Коган реализовал своё право выбора победителя, когда одинаковое количество баллов набрали по результатам голосования малого жюри Александр Проханов с «Господином Гексоген» и Ирина Денежкина с «Song for lovers», решив в пользу Проханова.
За 6 лет в шорт-листе премии фигурировало 35 литературных произведений. Больше одного раза были номинированы работы лишь четырёх авторов: Александра Проханова, Захара Прилепина, Павла Крусанова и Дмитрия Быкова. Причём если первые трое попали в шорт-лист дважды, то Дмитрий Быков — четырежды. Побеждать же удавалось только двум писателям из этого почётного списка: Александру Проханову и Дмитрию Быкову. Что интересно, оба становились лауреатами после того как их работы побывали в шорт-листе 2 года подряд.
9 июня 2006 года, в Санкт-Петербурге, в отеле «Астория» прошла церемония вручения премии «Национальный бестселлер» за 2005 год. Голоса Малого жюри распределились следующим образом: Дмитрий Быков «Борис Пастернак» — 3 балла; Захар Прилепин «Санькя» — 2 балла; Андрей Рубанов «Сажайте и вырастет» — 1 балл; Сергей Доренко «2008» — 0 баллов; Игорь Сахновский «Счастливцы и безумцы» — 0 баллов; Павел Крусанов «Американская дырка» — 0 баллов. В жюри входили: Екатерина Волкова, актриса; Светлана Ячевская, юрист; Юлия Беломлинская, писатель; Демьян Кудрявцев, генеральный директор ИД «Коммерсантъ»; Илья Хржановский, кинорежиссер; Михаил Шишкин, писатель. Голоса членов жюри распределились так: Екатерина Волкова и Юлия Беломлинская — за Прилепина, Светлана Ячевская — за Андрея Рубанова, Демьян Кудрявцев, Илья Хржановский и Михаил Шишкин — за Дмитрия Быкова.